La Junta de Gobierno de esta Hermandad de las Aguas se forma por elección cada cuatro años. Siendo el Hermano Mayor y su junta elegida por los hermanos que la forman. El Hermano Mayor no puede presidir la Junta más de ocho años consecutivos, pasando así el cargo a otro hermano que es elegido igualmente.
Esta Junta tiene una serie de cargos dispuestos de la siguiente forma: Hermano Mayor, Vicehermano Mayor, Mayordomo, Secretario, Tesorero, Fiscal y Vocales.
- Hermano Mayor, D. Francisco Javier Trías Montesinos.
- Vice-Hno. Mayor, D. José María de la Luz Macías Díaz.
- Tesorera, Dª. Yolanda de la Oliva Campelo Pérez.
- Mayordomo, D. José Antonio Cabello Sánchez.
- Fiscal, Alejandro Álvarez Butrón.
- Secretaria, Dª. Carmen Rodríguez Rendón.
- Vocal de Liturgia, D. Antonio Peña Benítez.
- Vocal de Caridad, D. Daniel Gordillo Germán.
- Vocal de Juventud, D. Sergio Ríos Quintero.
- Vocal de Mayordomía, D. Sergio Ríos Quintero.
- Vocal de Juventud, D. Hugo Martínez González.